La tua mobo non supporta sata appunto per questo devi metterci un controller, di quelli che hai visto solo il secondo è un controller sata.
I driver per Linux ci sono solo per il kernel 2.4.
Dovrebbe essere abbastanza semplice fare quello che vuoi tu, installi tutto sul 40 giga, poi hai due possibilità:

1 - Utilizzi un kernel 2.4, installi i driver promise, carichi il modulo e fai in modo che si carichi automaticamente ad ogni avvio, a questo punto il kernel ti vede il disco che tramite il bios del promise avrai messo in raid1, lo partizioni come ti pare e poi modifichi il file /etc/fstab con i nuovi punti di mount, al riavvio dovrebbe andare.

2 - Utilizzi il kernel 2.6, sempre dopo l'installazione configuri un raid software sui due dischi, http://www.tldp.org/HOWTO/Software-RAID-HOWTO.html http://forums.gentoo.org/viewtopic.php?t=8813 poi modifichi i punti di mount e riavvi.