I valori che inserisci in phpmyadmin servono per la connessione tramite il client di php. Lo user definito in WinMysqlAdmin credo utilizzi una connessione ODBC comunque non una connessione tramite php. Infatti il tool WinMysqlAdmin funziona a prescindere da php.

Per quanto riguarda la configurazione che hai postato di phpmyadmin, se non hai messo una password allo user root, dovresti connetterti con root e nessuna pwd.