Purtroppo una unica pagina in flash è quanto di più disastroso possa esistere per partecipare alla "lotta" nei motori di ricerca...

Unico consiglio fattibile è quello di fare una replica del sito in html, ne guadagnerai in salute mentale e accessi dai motori. Il tempo che risparmi lasciando così il flash che credo abbia già concluso lo impiegherai per la versione 100% html.

Se il sito è già indicizzato nei motori non hai bisogno di reiscriverlo, quando pubblicherai il sito i motori aggiorneranno entro pochi (di solito) giorni.