Il mio "detto cosi`, no" era riferito alla domanda iniziale (quando ho postato non avevo ancora visto la risposta di guitar).

Quello che volevo dire e` che non e` possibile cambiare il CSS a pagina caricata: il CSS va caricato PRIMA del tag che vi fa riferimento.

Lo script di guitar ha due difetti:
1. che e` valido solo nel browser IE
2. che ricarica il CSS, ma non lo applica agli oggetti caricati nella pagina.

Io farei una cosa di questo tipo:
codice:
var cont = 0;
function mytime(){
  document.getElementById('tutto').className = 'stil'+cont;
  cont = (cont==0) ? 1 : 0 ;

  setTimeout("mytime()",2000);
}
La pagina dovra` essere strutturata in modo da avere all'interno del <body> un <div id="tutto"> che comprende tutto cio` che si vuole cambi stile. naturalmente eventuali oggetti intrni, dovranno avere le proprieta` interessate poste a inherit.

I due stili (da definire nel CSS della head) dovranno chiamarsi:
.stile0 { ... }

.stile1 { ... }