Il desktop remoto è solamente una modalità che ti permette di accedere al desktop del server dal tuo PC; in sostanza non è molto diverso da programmi come VNC, PCAnywhere, etc...
Il desktop remoto viene abitilitato di default su Windows 2003 (mi sembra per un massimo di 2 connessioni contemporanee). Per questi non serve alcuna licenza aggiuntiva

I Servizi Terminal sono una cosa diversa; ti permettono di eseguire sul tuo PC un programma (ad esempio Office) che è fisicamente installato sul server; ad esempio puoi installare sul server Word e poi gli utenti si collegano al server ed ognuno apre una sua sessione indipendente in cui, ad esempio, usa Word, e tutti lo usano indipendentemente. La cosa diversa è che il programma viene fisicamente eseguito sul server (le macchine che si collegano al server ed eseguono una sessione terminal possono essere anche senza Hard Disk...perchè niente viene fatto girare in locale, sono i cosiddetti Thin Client). E' una specie di "versione moderna" dei "vecchi mainframe" ed i loro "terminali"
Per fare questo devi installare (e presumo quindi tu l'abbia fatto i "Servizi Terminal" ed il "Terminal Server Licensing" che di default non vengono installati (per questi, dopo un periodo di prova, serve la licenza)

La modalità di collegamento (comunicazioni - connessione desktop remoto) è la stessa quindi dal client non noti nessuna differenza, è il server che è stato configurato in maniera diversa

Le 5 licenze a cui si riferisce il pacchetto Windows 2003 Server sono per 5 client "normali", non 5 client "terminal services"; cioè per 5 client che accedano alle risorse del server (dischi, cartelle condivise) o per 5 client Active Directory (se lo configuri come Domain Controller puoi attaccarci 5 client)
Le licenze terminal services sono una cosa (e purtroppo un costo) a parte..