Inizio a rispondere io, ma alcune cose che chiedi non le conosco.

Anzitutto uno script non puo` essere un .exe .
Uno script viene interpretato (ha necessita` di un interprete del linguaggio), mentre un .exe e` un programma compilato e completo.
Pero` uno script puo` essere interpretato su computer diversi, mentre un .exe e` compilato solo per una determinata piattaforma.

Esiste un compilatore Perl (credo si chiami perl2exe), ma non lo ho mai usato.

Nota che nel forum esiste la funzione ricerca (bottone in alto a destra) che ti puo` essere utile per cercare info di thread vecchi.

Un tutorial Perl e` linkato nelle prime pagine di HTML.it, un altro lo trovi nel sito di shishii (il moderatore di questo forum).
Un reference lo puoi trovare anche a questo link.

Nota che il Perl e` un linguaggio (di scripting), mentre CGI (Common Gateway Interface) e` un sistema di interfaccia fra due computer (server e client) che gira sul Web, alla pari di PHP o ASP.
Al 99% i CGI vengono sviluappati in Perl, ma si puo` realizzarli con qualsiasi linguaggio (ad esempio C/C++).

Per cose standard il PHP (che ha un linguaggio in qualche modo simile al Perl) puo' essere piu` semplice da realizzare, mentre per cose particolari il CGI e` insostitubile.

Spero di aver risposto a molti quesiti; con i link che ti ho indicato puoi trovare altre risposte.
Ma se hai altri problemi fatti vivo nuovamente: qui ci sono altre persone molto piu` esperte di me nei CGI.