Ciao,
se non ricordo male win2003 e IIS 6 di default pongono diverse restrizioni all'esecuzione di CGI, quindi dovrai abilitare esplicitamente l'utilizzo degli script via CGI

Non ho provato FAST CGI su Win2003 server, però se si tratta di ambiente di produzione ti consiglierei di spendere quei 200 Euro che che ti consentiranno di utilizzare il Win enabler della Zend (php ottimizzato per windows attraverso fast cgi)