Ciao; allora di solito i file di properties vanno messi nella directory classes della tua web-app o meglio ancora nel file .jar contenente le tue classi; cmq supponiamo tu li metta ine WEB-INF/classes... per prendere il path puoi utilizzare all'interno della tua servlet:

codice:
getServletContext().getRealPath( "WEB-INF/classes" )