Se conosci qualche linguaggio di programmazione, anche il php va bene, fatti un programmino che processa il file, eliminando quasiasi occorrenza di uno spazio, così da togliere in automatico quelle righe.

Pazzesco, 80000 riche vuote significano comunqu 160000 caratteri in più (cr + lf in dos).

Ma perché non lo puoi buttare dalla finestra? Ne avresti solo guadagni.