Non è che il problema sia dovuto ad un arresto non regolare del SO?
Mi spiego meglio. Ricordo che Win98 aveva problemi con il termine della sessione di lavoro in quanto si bloccava per un'incompatibilità hardware con un gran numero di schede madri e, ovviamente, al riavvio trovando il flag del filesystem settato su una scorretta chiusura partica con lo scandisk...