mi sa che hai ridimensionato la partizione di windows, senza prima fare uno scandisk ed un bel defrag.
in rete trovi molti casi come il tuo, dovuti ad un organizzazione a mio avviso discutibile, del filesystem da parte di windows.
prova a cercare in rete delle soluzioni.
si potresti anche reinstallare windows, ma prima preoccupati di avere un supporto (floppy/cd/altro) per un avvio di sicurezza (rescue) in modo tale da riscrivere il boot loader utilizzato da linux sul MBR.

ciao