Ciao,
anch'io ho avuto lo stesso problema.
In sintesi il file Pdf con php non riesco a leggerlo "al volo".
Mi sono documentato dovunque e, con sommo orrore, ho dovuto constatare che di programmi per creare pdf ce ne sono a badilate, ma per leggerli ho trovato solo qualche classe, peraltro poco o nulla funzionante.
Ho risolto la cosa in modo diverso installando sul server (linux) il programma pdftohtml che è un eseguibile, dandogli i permessi di esecuzione da apache e "scrivendo" provvisoriamente i files in una directory creata appositamente.
Questo però puoi farlo solo se hai l'amministrazione del sistema (o se paghi profumatamente qualcuno per un housing), in altro modo non saprei come consigliarti.
Chissà se c'è qualcuno che nel frattempo ha risolto?
ciao a tutti