Ciao.
Di solito, in ~/ (home utente) vengono messi i file di configurazione dei vari programmi usati e un po' di amenità varie (come la posta, per esempio). Per quanto riguarda l'installazione dei programmi, se li compili dai sorgenti e ti fermi a configure/make, di fatto non li installi nel sistema (operazione per cui è richiesta un'utenza superiore). Immagino dipenda dalle tue esigenze. Due o tre Gb dovrebbero bastare. Se poi sei solito compilare i programmi e lasciarli lì senza dare il make install, allora è diverso...