Nella pagina di index non c'è nessun elemento con l'id "newin" ed definisci nell'evento onload della pagina una funzione che utilizza "newin".
Nel file setskin.js fai anche là una ridefinizione dell'evento onload. E' l'ultima definizione che viene eseguita quindi è normale che se togli il file newfinestra.js non vi sia più l'errore.

codice:
<script type="text/javascript" src="js/setSkin.js"></script>
onload è associato ad una funzione

codice:
<script type="text/javascript" src="js/newFinestra.js"></script>
anche qua onload è associato ad una funzione