secondo il mio parere stai confondendo le due cose.
Flash è dal mio punto di vista prettamente orientato alla presentazione (grafica, multimedia, etc.) mentre js è un linguaggio scripting lato client che può essere incluso in praticamente tutti gli altri linguaggi.
Questo vuol dire che non devi vedere il paragone a livello di cosa fa uno che l'altro non fa. Ma cosa mi conviene usare nella mia applicazione web.

Un esempio: se sto creando un e-shop, me ne guarderò bene di usare un controllo in flash o di crearlo totalmente in flash, sapendo che potrebbe darmi problemi di compatibilità con il target di utenti.
A contrario, se il mio sito è basato su contenuti audio, video, anim. etc. e quindi suppongo che il mio target abbia installato il flash player e disponga di una connessione veloce; beh, in quel caso eviterei di diventare pazzo e userei actionscript.

Un'altra cosa molto importante....flash non è "gratis".