Ciao, iniziamo dal sistema operativo: è Windows 2003?

Potresti pensare ad utilizzare i cosiddetti "mount point", ossia in pratica crei una cartella nel disco C: (o un altro a tua scelta) che però è ospitata in altre unità logiche o fisiche, pur apparendo a tutti gli effetti come appartenente a C:. Puoi creare i mount point da Clic col dx su Risorse del Computer > Gestione > Gestione Disco. Trovi cmq molto materiale sul technet di MS per gestirli.

Se poi vuoi tenere "a bada" lo spazio che occupano gli utenti, pensa magari ad implementare la gestione quote sui dischi rigidi.