Oggi mi è saltata in mente la cosa che nei sistemi linux puoi copiare l'immagine dell'intero floppy digitando

cp /dev/fd0h1440 fileimmagine

poi con il processo inverso ricopi l'immagine all'inverso, non so se pou funzionare nel tuo caso, sarebbe piu semplice che scrivere programmi assembler.