Per svegliare le macchine windows (sempre se la piastra madre e bios supportano il WOL) puoi usare "ether-wake" per Linux (cercalo con google) nel seguente formato:
"ether-wake MAC address della scheda di rete del pc windows"
(esempio: ether-wake 00:0d:87:6a:31:9c)

I PC windows li spegni con il comando DOS "shutdown -s" (da telnet o sessione dos)