direi di si... ma è cosi per tutti all'inizio.

Ti consiglio di seguire questa guida:
http://freephp.html.it/guide/lezioni.asp?idguida=8

Poi le cose saranno più chiare.
Comunque tanto per dire 2 veloci parole devi cercare di impostare un sito in questo modo:

CSS : per l'aspetto grafico della pagina
XHTML : per la struttura
DBSQL : solo per i dati (che verranno impaginate dai precednti)