Ciao global_napoli.
Allora io ho utilizzato Bea weblogic con JBuilder 8 e X dopo di che per motivi di "licenza" sono passato a JBoss su JBuilder X e 2005; è davvero semplice configurarlo.... ma la semplicità vale anche per Bea.
Per quanto riguarda gli EJB non bisogna inserire nessun package in javahome a meno che tu non debba utilizzare classi scritte da terze parti ma anche in questo caso ti sconsiglio vivamente di modificare il contenuto della tua JAVA_HOME; piuttosto fatti un file .ear con dentro i tuoi EJB e con una directory lib; dopo di che in tutti i moduli dell'ear che hanno bisogno di questi jar setti il Class-Path nel file manifest.mf