sbagli nel miscelare codice html e javascript,
se vuoi fare come hai scritto anche il tag dove viene utilizzata la variabile javascript dev' essere scritto da javascript
codice:
<script language="javascript"> 
if (navigator.appVersion.indexOf('MSIE') != -1) 
path = "style/layout_IE.css"; 
else 
path = "style/layout_other.css"; 
document.write("<link rel=\"stylesheet\" type=\"text/css\" href=\""+path+"\"; />"); 
</script>
ciao