var prima = new Date(2004, 11, 31);
var seconda = new Date(2005, 0, 10);
diff = (seconda - prima) / (1000 * 3600 * 24);
Forse occorre anche arrotondare, ma prima prova (in teoria non serve, ma in pratica non so se fa i conti con interi o float).
per scrivere i dati nelle variabili prima e seconda (supponendo che siano dei campi di input con formattazione 31/1/2004) puoi usare:
var l_prima = document.NOMEFORM.NOMECAMPO.value;
var vett = l_prima.split(/[\-\.\/]/);
var prima = new Date(vett[2], parseInt(vett[1],10)-1, vett[0]);
... similmente per seconda ...