semplicemente devi spostare il file in una parte del disco fisso dove puoi lavorarci.

Codice PHP:
move_uploaded_file ( $_FILES["upfile"]["tmp_name"], /home/*******/pozzuolesi/nuovofile) 

tutte le altre operazioni che esegui dovrai far riferimento a "/home/*******/pozzuolesi/nuovofile" anziche a $_FILES["upfile"]["tmp_name"]

Ciao