In teoria se nella verifica preliminare ti segnala quel pantone voul dire che effettivamente è presente nel documento. Prova a controllare nella finestra dei campioni, dove ti segnala tutti i colori utilizzati nel documento ( nella finestra è segnalato anche il tipo di colore utilizzato (rgb,cymk, pantone).Probabilmente importando file vettoriali da illustrator o incollandoli, si è inserito qualche pantone. Se non riesci a trovare l'intruso ti conviene trasformare il pantone in quadricromia direttamente dalla finestra dei campioni. Una volta trasformato il pantone in quadricromia nella verifica preliminare non comparirà più. Non so se ti sono stato di grande aiuto ma io in genere faccio così.