semplice

il sistema di inclusione di header/footer/menu e chi più ne ha più ne metta è secondo me alquanto scomodo e per niente pratico, perché non vedi la pagina nel suo insieme ma la costrusci "pezzo per pezzo"

Un metodo più comodo e più agevole (sopratutto usando CSS e XHTML) è quello di usare dei template.

In pratica crei una pagina in HTML e ci scrivi dentro delle variabili PHP, che poi lo script si occpuerà di sostituire con il loro valore.
Io di solito faccio un template generale con la struttura di tutte le pagine (head, header, menu, footer) e ci metto due variabili, $TITLE e $BODY.
Poi i vari script PHP includono la funzione (io in realtà ho fatto una classe) che parsa i template, e alla fine, dopo aver eseguito tutte le altre operazioni, restituiscono il codice html grazie alla funzione (tutto il codice di quella pagina specifica va nella variabile $BODY)... non so se sono stato chiaro o ho scritto in geroglifico, comunque per capire meglio puoi usare le varie pillole che trovi nel thread in rilievo oppure l'ottimo articolo di gm