io non ho ben chiaro il tuo quesito.
Hai dei dubbi sulla struttura del sito per quanto riguarda l'albero delle directory e dei file?

Il criterio generale è che tutto ciò che è in comune tra più pagine può essere messo in uno file unico da includere. E' lo stesso principio dei fogli di stile. Come poi sistemi questi file dentro le directory, beh, dipende dal sito, no?