Ciao; premetto che non conosco bene Bea Weblogic perchè sarà un anno e mezzo che non l'uso più e sono passato a JBoss e Jonas..... cmq posso dirti la configurazione che io faccio con JBuilder 2005 e JBosss (non penso sia differente da quella che si fa per Bea):

1) Vado in tools --> enterprise --> configure server
2) seleziono JBoss 3.2.x
3) configuro la jboss home (equivalente di bea home)
4) scelgo la configurazione di partenza (se default, minimal, all
etc... questi dovrebbero essere i nomi dei server che tu dai a
Bea)
5) Lancio JBoss da JBuilder.... vado in run-->configuration-->new
scelgo come tipo di configurazione server (dopo ovviamente aver
scelto per il mio progetto che server utilizzare).
Fatto ciò tu puoi lanciare Bea o Jboss da JBuilder... una volta che i server sono attivi tu puoi utilizzare tranquillamente il JNDI dell'application server.
Ora per quanto riguarda JBoss io per creare un nuovo server non faccio altro che andare in ${JBOSS_HOME}/server copiare per esempio la directory default e cambiarle nome... ed ecco fatto. In Bea non è così semplice perchè essendo a pagamento e proprietario tu non saprai mai fino in fondo cosa realmente succederà... quindi per Bea non so esserti molto d'aiuto.
Ultimo consiglio....non mi ricordo con sicurezza ma mi sembra che JBuilder 8 avesse dei bug per applicazioni enterprise... ti consiglio di passare al 2005 se ne hai modo oppure di utilizzare l'ottimo eclipse.
Se dovessi utilizzare JBoss potrei esserti + d'aiuto ma con Bea ho davvero poca esperienza.
Ciao