ma xprop -root | grep XKB cosa dice
a me ad esempio da semplicemente
_XKB_RULES_NAMES(STRING) = "xorg", "pc104", "it", "", ""
(su gentoo con xorg )

era gia' funzionante xserver ?

prova a rinominare XF86Config-4 e riconfigurarlo
il problema potrebbe semplicemente essere in gdmconf altrimenti