Non so se ho capito cosa chiedi.
Se vuoi farti un floppy di recupero, edita /etc/lilo.conf
boot=/dev/fd0
Poi dai "lilo" per scriverlo sul floppy.
Per la copia del solo MBR, potrebbe bastare:
$ dd if=/dev/hda of=mbr.img count=1 bs=512
e poi quel file lo metti dove vuoi.

ciao.