nella sezione Device->Input (o simile) del kernel ci devono essere impostate come moduli le voci per i touchpad

poi bisogna modificare il file xorg.conf (puoi usare il comando da shell xorgconf) e scegliere il device giusto, che normalmente è /dev/mouse, ma prova anche con /dev/psaux o /dev/input/mice o /dev/input/touchpad

non ricordo bene, ma avevo lo stesso problema con un amico e l'avevo risolto circa così...