Ha ragione shishii.
Con i CGI tu generi la pagina HTML al volo.

Il JS fa parte della pagina HTML (per come e` vista dal CGI), per cui se e` JS embedded devi scriverlo assieme al resto della pagina HTML.

Invece se vuoi inserire uno script esterno, basta che inserisci il codice HTML che carica il JS, e poi metti il file JS nella dir opportuna (in tal caso conviene scrivere il path del JS a aprtire dalla homepage - deve iniziare con / ).

Quando hai risolto i problemi CGI, vieni nel forum Scripting e posta il quesito "lato client": in quel forum nonpostare le istruzioni Perl che generano il codice, ma solo il codice HTML/JS generato (come arriva al browser).