la piu semplice e' inserire il corpo (la parte variabile) in un div a cui dai le dimensioni della cella che lo contiene e overflow: auto, cosi' compare la barra solo nella specifica sezione, oppure puoi fare il sito simulando un frame con i div (scusa, non ho sottomano un link ad un template, ma probabilmente googlando ne trovi)

io pero' ti suggerisco altre due alternative: mettere un link "torna a inizio pagina" in fondo alla colonna lunga e/o riproporre il menu di navigazione in calce alla pagina in semplice formato testo, come si vede spesso in giro (soluzione che, come navigatrice, trovo piuttosto comoda!)