Se i filmati non hanno interazione con l'utente dovresti poterli importare in flash (direttamente gli swf) e poi 'montarli' uno dietro l'altro.

In alternativa, però è abbastanza un delirio, credo che si potrebbe temporizzare un javascript (conoscendo la durata esatta dei vari swf) per modificare il param 'movie' dell'object che contiene l'swf ed eventualmente le dimensioni e mettere in sequenza i vari swf.
Questo perchè non credo (sto ipotizzando) che da javascript si possa rilevare se il filmato è finito. So che si può pilotare un flash ma i comandi sono pochi (play stop e poco altro).

Cmq prova prima ad importare gli swf in flash... è decisamente più semplice.