allora non è una query... ma sono più query

se le puoi eseguire con phpmyadmin ti semplifichi il lavoro perchè ci pensa lui a farne una alla volta...

altrimenti boh.. puoi farti un ciclo sulle query.. se nel file sono ognuna su una riga è banalissimo... altrimenti dovresti esplodere le diverse query con explode usando come separatore ";" [cperando che tu non lo abbia come carattere da qualche parte.. altrimenti devi farti una regexp...