Non ho esperienza di apache sotto Windows, ma la sezione di httpd.conf che attiva i CGI sono le seguenti:

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LoadModule cgi_module modules/mod_cgi.so
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ScriptAlias /cgi-bin/ "/var/www/cgi-bin/"
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<Directory "/var/www/cgi-bin">
AllowOverride None
Options None
Order allow,deny
Allow from all
</Directory>
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ovviamente devi aggiustare i path