Ciao,
una volta letto il file potresti usare le regular expression per sostituire il valore che ti serve in questo modo:

$nuovoContenuto = preg_replace('/Carto=(\d+)/', 'Carto=456', $vecchioContenuto);

I numero 456 è il valore nuovo da inserire che potrebbe essere sostituito con una variabile. Non mi è molto chiaro cosa intenda per rigenerare perchè se devi cambiare il contenuto deò file sei costretto a riscriverlo (non penso ci siano alternative): puoi appendere dati ma cmq il file andrà riscritto su disco.