Secondo me hai pasticciato troppo con l'installazione e con l'incrocio dei canali.
Prova a staccare l'ha sul canale secondario IDE, lascia l'Hd nuovo, settato a master, sul primo e fai una nuova installazione formattando quello che avevi fatto la prima volta.
Al caricamento dell'OS, controlla che sia tutto Ok, spegni il pc e attacca il secondo HD, settato a slave, sul primo canale.
Riaccendi, controlla che veda il secondo hd, salva i dati che ti servono, formatta il secondo hd.
E' inutile fare dual boot con lo stesso SO.