scusa ma se vuoi confrontare tra loro delle cose devi fare in modo di confrontare cose simili. Non puoi confrontare le pere con le mele.
SMTP posiede dei comandi per impostare mittente e destinatario dell'email e per inviare il corpo vero e proprio. Il protocollo posiede comandi unicamente per spedire posta e interagisce solo col relativo server.
POP3 posiede solo comandi per leggere posta da una mailbox. Non possiede comandi per inviare posta.
Come vedi non c'entrano vantaggi e svantaggi, fanno proprio due cose totalmente diverse.
Anche HTTP e FTP fanno cose diverse anche se parzialmente sovrapponibili.
FTP permette di caricare (upload) o scaricare (download) file da un sito FTP. STOP niente altro.
HTTP è molto più complesso. E' nato per scaricare essenzilmente pagine web. Poi si è evoluto e il protocollo permette di gestire cookie, proxy, cache etc... Ovviamente è possibile scaricare anche oggetti (MIME) diversi dalle pagine web come le immagini delle pagine stesse ma anche qualsiasi file linkato come risorsa. L'upload di file e il loro relativo salvataggio sul server invece (a differenza di FTP) non è gestito direttamente dal protocollo ma in genere si usano script ausiliari sul server (CGI, ASP, PHP).
La facenda è più complicata di come la descrivi. Ognuno di quelli elencati è un protocollo specializzato e non dedicato ad una generica comunicazione su internet... ergo non si possono confrontare tra di loro e non si possono, in generale, evidenziare pregi o difetti di uno rispetto all'altro.
Un confronto lo puoi fare tra protocolli simili come POP3 e IMAP. Entrambi sono stati creati per recuperare posta da una mailbox. IMAP è però decisamente più potente. Non sto qui ad illustrarti le differenze...
Ancora un confronto lo puoi fare tra FTP e HTTP ma solo per quanto riguarda la parte di download dei file. Per il resto nisba.
Se ti interessa puoi leggerti gli RFC relativi ai protocolli stessi (sono gli standard che li definiscono). Sono letture molto tecniche quindi devi avere già una buona base di conoscenze:
POP3
ftp://ftp.rfc-editor.org/in-notes/rfc1939.txt
SMTP
ftp://ftp.rfc-editor.org/in-notes/rfc2821.txt
FTP
ftp://ftp.rfc-editor.org/in-notes/rfc959.txt
HTTP
ftp://ftp.rfc-editor.org/in-notes/rfc2616.txt

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