Scusate forse nn mi sono spiegato, le gif NON fanno parte di flash, ho diviso la pagina HTML in 2 tabelle, in una carico il flash, in un altra le gif.
Con firefox le gif animate funzionano con IE si bloccano.
Credo che dipenda dal fatto che il flash sia troppo pesante e rubi risorse alla CPU che nn riesce a far girare le gif.