penso che i template usino tutti e due i sistemi: include per i files esterni (sul mio sito per esempio uso solo questo) e frame (sconsigliati per vari motivi che se vai sul forum dedicato a html ti spiegheranno...).
Il primo richede una tecnologia server side (PHP o ASP generalmente), mentre l'altro è client side.
Utilizzando gli include puoi modificare il risultato di infinite pagine (che contengono appunto l'include) modificando semplicemente una pagina (quella contenuta).