Codice PHP:
$query = "CREATE TABLE bar (
  IDBar int(11) NOT NULL auto_increment,
  reparto varchar(50) default NULL,
  PRIMARY KEY  (IDBar)
) TYPE=MyISAM;";
mysql_query($query);
$query = "CREATE TABLE categoria (
  ID int(11) NOT NULL auto_increment,
  Categoria varchar(50) default NULL,
  PRIMARY KEY  (ID)
) TYPE=MyISAM;";
mysql_query($query); 
e così via per ogni istruzione contenuta nel file.
In effetti non avevo pensato al fatto che non puoi dare più comandi simultanei.