scusa, ma non mi è chiara la tua ultima affermazione

ho provato togliendo height e width dall'object e mettendo:

#site{
background-image:url(img/sfondo.jpg);
background-repeat:no-repeat;
background-position:center;
text-align:center;
vertical-align:middle;
height:100%;
width:100%;
}
#site object{
height:400px;
width:700px;
margin:auto;
}

... ma l'swf rimane allineato in alto