Per quanto ho capito io devi cancellare una directory nella ho me di un utente normale:
- login $UTENTE
- su
Passwd di root
- rm -rf /directory/da/cancellare
- exit
Fatto.

[EDIT]
Mi sa che hai scaricato il pacchetto da utente e l'hai estratto da root. La prossima volta con root esegui solo l'operazione di installazione ("make install").