per questo non puoi usare document.write... dovresti scrivere all'interno di un layer
ho sistemato alcuni errorini anche
codice:
var immagini=new Array(); 
immagini[0]= "img01.gif";
immagini[1]= "img02.gif"; 

var lnk=new Array();
lnk[0]= "http://www.link01.com";
lnk[1]= "http://www.link02.it";

var tar= new Array()
tar[0]= 'target="_blank"';
tar[1]= 'target="_blank"';

function BannerCasuale(){
  var index=Math.floor(Math.random()*tar.length); 
  var dd = document.getElementById('divBanner')
  dd.innerHTML='[img]'+immagini[index]+'[/img]';
  setTimeout('BannerCasuale()',2000)
}
</script>
richiami la funzione all'onload
metti il div dove vuoi che appaia il banner
codice:
<BODY onload="BannerCasuale()">
<div id="divBanner"></div>