Per le distro che ho provato posso dirti:

SuSe: nessun problema. Pone le librerie a 64 bit in /lib64 e quelle a 32bit in /lib. Così facendo possono girare tranquillamente sia i programmi a 32bi che quelli a 64. In particolare ci puoi far girare wine.

Ubuntu: nessun problema (eè quella che uso attualmente). E' una 64bit 'pura'. Ciò significa che le librerie a 64bit sono nelle directories /lib. I programmi a 32 bit non possono girare dal momento che le loro librerie non possono essere messe nelle directorie /lib senza incasinare ttutto.
Wine può essere compilato a 64bit, ma in tal caso non può fargirare alcun programma di windows a 32 bit.

Gentoo: nessun problema. Anche questa è 'pura' (vedi sopra).

Mandrake: nessun problema. Come Suse separa le librerie a 32 e 64 bit rendendo possibile l'uso di programmi a 32bit.

Fedora: mi ha dato problemi. Può darsi che l'ultima versione sia migliore, ma non la provo.

mcz