lilo e grub a parte, verifica anche che la partizione winzozz non sia andata a XXX!

vedi in /mnt/ se hai qualcosa del tipo hda1 hda2 e via cosi...li dovresti trovarci i file di windows...

se li non c'è nulla a parte cdrom e simili fai un:

fdisk -l

e poi provi a montare i vari /dev/hd.... su /mnt/prova (ad esempio) cosi controlli che almeno la partizione windows non si sia sputtanata!

poi complili lilo come ti hanno già detto