Un JS che usa document.write() VA inserito nel body.

Pero` a me non piace inserire tutto un codice lungo nel body (spezza la pagina), per cui se la cosa e` lunga preferisco mettere il codice in una funzione della head e poi richiamarla nel body.
Ma se il codice e` in un file esterno e quindi ti basta il richiamo, non ha senso mettere il richiamo di un richiamo.

Ma, ripeto, questa e` solo una questione di stile di programmazione. I computer non apprezzano queste sottigliezze.