Per creare un file jar basta anche creare un file zip con winzip,metterci dentro i .class e rinominare l'archivio con estensione .jar anzichè .zip.Quel jar poi lo indichi a jsmooth dove ti chiede di mettere la spunta su "use an embedded jar" poi nella sezione apposita gli indichi la main class (quella contenente il metodo main),in oltre devi indicargli il tipo di scheletro dell'eseguibile (GUI o console).Se non hai usato librerie jar esterne nel tuo programma questo è tutto,non ti serve altro per creare il tuo .exe