Hai provato a disattivare dal bios l'HD con windows ?

Forse potresti provare (magari funziona) a mettere fisicamente l'HD con linux come master sul primo controller e quello con win come slave sempre sul primo controller. quando usi l'uno, disattivi l'altro dal bios.

Se non va vedi sotto ...
oppure reinstallalo, togliendo l'HD di win e mettendo quello di linux nella posizione in cui poi lo farai funzionare.

se l'hai installato su di un HD presente da solo sul pc ti avrà settato lilo per avviare da /dev/hda.

se tu lo monti poi come slave sullo stesso controller o master (o slave) sul controller secondario, o sull'USB lui evidentemente cambia di nome (hdb sullo slave del primo controller, hdc sul master del secondo controller, hdd sullo slave dello stesso controller). se poi lo colleghi con l'USB, probabilmente diventerà sda1 (o sdax o sdbx, ....).

Quindi direi che devi montarlo da solo, avviare con un cd od un LIVE CD, modificare il lilo.conf sul tuo HD sostituendo la riga

boot/dev/hda con
boot/dev/hdx (x la posizione del tuo HD una volta montato).

Poi con chroot devi entrare nel tuo HD e dare un
#lilo -v

per scrivere il bootloader nell'MBR.

a questo punto rimonti tutti i tuoi dischi, modifichi il bootloader di windows (o ne installi un altro per windows) e gli dai l'opzione di avviare su hdx (dove hai linux. Oppure, se non vuoi fare pasticci ti fai un floppy di avvio di Linux ed avvii da lì, oppure ancora (ma non so se con Suse si possa fare) avvii dal cd di installazione.

Certo che quando hai preso un pò di confidenza, la cosa migliore è installare lilo nell'MBR del primo disco, così avvii quello che vuoi senza problemi ...

comunque per chroot è meglio aspettare qualcuno che se ne ricordi meglio di me l'uso.