Non conosco JSP. Lato server ho lavorato solo con CGI in Perl.
Ma questi sono probelemi che devi chiedere in altri forum. Se puoi/riesci ad usare le variabili di sessione, la cosa credo sia piu` semplice.

Lato client puoi fare varie cose: piu` semplice e` usare i checkbox, magari li metti in una quinta colonna con display:none; con i quali automaticamente passi al server il value solo di quelli selezionati.

Altrimenti devi fare una scansione di tutte le righe e scrivere nel campo hidden i valori (o gli identificatori) delle righe che sono selezionate.
Ma per darti altri consigli e` necessario conoscere la struttura di una riga (serve il codice HTML generato dal server) e il valore che devi passare.

Ma prima devi risolvere il problema lato server: poi il JS puo` adattarsi. In linea di massima, se in un database ci sono gli identificatori del record, tali identificatori sono quelli che (1) il server deve passare al client, in modo che (2) il client li ritrasferisca al server con il form. Non e` necessario che l'utente veda tali identificatori.